医療法人がデジタル化・AI導入補助金(旧IT導入補助金)に申請する際の重要ポイント


医療機関において、スタッフの業務負担軽減や患者満足度の向上を目指し、医療DXを推進する動きが加速しています。
医療DXは厚生労働省も積極的に推進しており、電子カルテについては2030年12月31日までに普及率100%とすることを明記しています。
医療DXを推進する際、後押しとなるのがデジタル化・AI導入補助金(旧IT導入補助金)です。
デジタル化・AI導入補助金はスタッフが300人以下の医療法人・社会医療法人であれば利用できます。

※デジタル化・AI導入補助金2026「申請の対象となる方」より抜粋
本記事では、医療法人がデジタル化・AI導入補助金を活用してシステムを導入する際の重要ポイントを解説します。
IT導入補助金からの変更点は?

デジタル化・AI導入補助金は、旧IT導入補助金から移行した制度です。
基本的な枠組みは従来と同様ですが、主に以下の点が変更されています。
AI機能を有するITツールの明確化
これまでのITツールによる業務効率化に加え、AI技術を活用したツールの導入が重視されるようになりました。
医療現場においても、AIを用いた画像診断支援システムや、問診システム、音声認識による電子カルテ入力補助などが採用されています。

※デジタル化・AI導入補助金2026「ITツール・IT導入支援事業者検索 」より抜粋
なお、デジタル化・AI導入補助金のサイトでは、AI機能を備えたツールに絞り込んで対象のITツールを検索できるようになっています。
2回目以降の申請に係る申請要件の追加
2022~2025年にIT導入補助金を受給したことがある事業者が再度申請を行う場合の申請要件が追加されています。
具体的には次の通りです。
150万円以上の補助金を申請しようとする者であって、IT導入補助金2022からIT導入補助金2025までの間に交付決定を受けた事業者((ニ)に掲げる適用外の者は除く。)は、以下の要件を全て満たす、交付申請時点の翌事業年度以降3年間の事業計画を策定し、実行すること。
一 事業計画期間において、1人当たり給与支給総額(非常勤を含む全従業員)の年平均成長率を3.5パーセント(日本銀行が定める「物価安定の目標」+1.5パーセント)以上向上させること。
二 事業計画期間において、事業場内最低賃金(事業場内で最も低い賃金)を地域別最低賃金+30円以上の水準にすること。
三 交付申請時点で、上記の一及び二に基づく賃金引上げ計画を策定し従業員に表明していること。
要件を満たしていない場合は、補助金の全額もしくは一部返還となります。
デジタル化・AI導入補助金の対象となる医療法人のITツール

医療法人がデジタル化・AI導入補助金を活用して導入できる主なITツールには、以下のようなものがあります。
・電子カルテ
・レセコン
・予約システム
・自動精算機
・オンライン診療システム
・在庫管理・物品発注システム
・勤怠管理システム
なお、採択を受けているITツール・IT導入支援事業者については、デジタル化・AI導入補助金のサイトで検索できます。
⇒⇒⇒※デジタル化・AI導入補助金2026「ITツール・IT導入支援事業者検索 」
デジタル化・AI導入補助金の申請枠
デジタル化・AI導入補助金には複数の申請枠が用意されていますが、主に医療法人に関わるのは、以下の3つです。
・通常枠
・インボイス枠(インボイス対応類型)
・セキュリティ対策推進枠
他にもインボイス枠(電子取引型)と複数者連携デジタル化・AI導入枠があります。
しかし、インボイス枠(電子取引型)は、医療法人を想定した枠ではなく、複数者連携デジタル化・AI導入枠は対象外となります。
通常枠
業務効率化や売上アップをサポートするソフトウェアやクラウドサービスを導入するための基本的な枠が通常枠です。
電子カルテや予約システムなど、医療法人の採択例も少なくありません。
【補助対象】
| ソフトウェア(必須) | ソフトウェア購入費、クラウド利用料(最大2年分) |
| オプション | 機能拡張、データ連携ツール、セキュリティ |
| 役務 | 導入コンサルティング・活用コンサルティング、導入設定・マニュアル設定・導入研修、保守サポート |
【補助率・補助額】
| 補助率 | 補助額 |
| 1/2以内もしくは2/3以内(※1) | 1プロセス以上:5万円以上150万円未満 |
| 4プロセス以上:150万円以上450万円以下 |
※1:従業員の30%以上が最新の最低賃金を下回る状態が3ヶ月以上あった場合、補助率が最大2/3になる
※2:デジタル化・AI導入補助金2026「通常枠 」をもとに作成
インボイス枠(インボイス対応類型)
インボイス枠は、インボイス制度に対応した「会計」・「受発注」・「決済」の機能を有するソフトウェア、PC・ハードウェア等が対象となります。
医療法人でも、インボイス対応の電子カルテ、自動精算機、決済システムの導入などの採択例があります。
【補助対象】
| ソフトウェア(必須) | インボイス制度に対応しており、かつ「会計」・「受発注」・「決済」の機能を1種類以上有するソフトウェア |
| オプション | 機能拡張、データ連携ツール、セキュリティ |
| 役務 | 導入コンサルティング・活用コンサルティング、導入設定・マニュアル設定・導入研修、保守サポート |
| ハードウェア | PC・タブレット・プリンター・スキャナー・複合機、POSレジ・モバイルPOSレジ・券売機 |
※1:ハードウェアを補助対象として申請する場合は、そのハードウェアがソフトウェアの使用に資するものであること
※2:ハードウェアのみの申請は不可である
【補助率・補助額】
〇ソフトウェア
| 補助率 | 補助額 |
| 3/4以内もしくは4/5以内(※3) | 50万円以下(※4) |
| 2/3以内 | 50万円超〜350万円以下(※5)(※6) |
※3:中小企業(医療法人)は3/4以内、小規模事業者(個人開業医)は4/5以内
※4:「会計」・「受発注」・「決済」のうち1機能以上を有することが機能要件
※5:補助額50万円超の際の補助率は、補助額のうち50万円以下については3/4(小規模事業者は4/5)、50万円超については2/3
※6:「会計」・「受発注」・「決済」のうち2機能以上を有することが機能要件
〇ハードウェア
| 補助対象 | 補助率 | 補助額 |
| PC・タブレット等 | 1/2以内 | 10万円以下 |
| レジ・券売機等 | 20万円以下 |
※7:デジタル化・AI導入補助金2026「インボイス枠(インボイス対応類型)[YI6] 」をもとに作成
セキュリティ対策推進枠
セキュリティ対策推進枠は、サイバーセキュリティ対策を強化するためのITツールが対象となります。
具体的には、独立行政法人情報処理推進機構(IPA)が公表する「サイバーセキュリティお助け隊サービスリスト」に掲載されているサービスに限定されます。
独立行政法人情報処理推進機構(IPA)が公表する「サイバーセキュリティお助け隊サービスリスト」に掲載されており、かつIT導入支援事業者によりITツール登録されたサービスについて、交付申請(「サイバーセキュリティお助け隊サービス」単品での申請)を行うことができます。
※デジタル化・AI導入補助金2026「セキュリティ対策推進枠[YI7] 」から抜粋
【補助率・補助額】
| 補助率 | 補助額 |
| 小規模事業者:2/3以内 | 5万円~150万円 |
| 中小企業:1/2以内 |
※デジタル化・AI導入補助金2026「セキュリティ対策推進枠 」をもとに作成
デジタル化・AI導入補助金の申請6STEP

補助金の申請から受給までの流れは、大きく分けると次の通りです。
事前準備
補助金の申請には、「GビズIDプライム」のアカウント取得が必要です。
発行まで約2週間かかるとされており、早めの申請手続きが必要となります。
また、情報セキュリティ対策に取り組むことを宣言する「SECURITY ACTION」の自己宣言を行わなければいけません。
情報セキュリティ対策の取組み状況に応じて「★一つ星」と「★★二つ星」があります。
| ★一つ星 | 「中小企業の情報セキュリティ対策ガイドライン」に記載されている「情報セキュリティ6か条」に取り組むこと |
| ★★二つ星 | 「中小企業の情報セキュリティ対策ガイドライン」の付録3「5分でできる!情報セキュリティ自社診断」で自社の状況を把握したうえで、付録2「情報セキュリティ基本方針(サンプル)」を定め、外部に公開すること |
※独立行政法人 情報処理推進機構 SECURITY ACTION公式サイト「SECURITY ACTIONとは? 」をもとに作成
二つ星の方がハードルは高いですが、セキュリティ対策推進枠では加点項目に含まれるので審査の際に有利になります。
IT事業者・ツールの選定
IT導入支援事業者の中から、自院に適したベンダーを選び、導入するITツールを選定します。

※デジタル化・AI導入補助金2026「IT導入支援事業者とは 」より抜粋
補助金の申請は、このIT導入支援事業者となるベンダーと共同で作成・提出することになります。
IT導入支援事業者に登録されていないベンダー、ITツールでは補助金の申請ができないので注意してください。
申請書類の作成と提出
IT導入支援事業者のサポートを受けながら、事業計画や経営状況などの必要情報を入力し、申請書類を作成します。
申請はすべて「申請マイページ」を通じた電子申請で行われます。
契約・ITツール導入開始
交付申請内容の審査が完了すると、交付されるかどうかが通知されます。
交付決定の後、ITツールの契約・発注・支払いを行ってください。
交付決定前に契約や支払いをしてしまった経費は、補助金の対象外となってしまうので注意してください。
実績報告
ITツールの導入と支払いが完了したら、その証憑(契約書、請求書、銀行の振込明細など)となるものを事務局に提出し、実績報告を行います。
事業計画通りに正しく導入・支払いが行われたかの審査を受けます。
補助金の給付
実績報告が無事に承認され、補助金額が確定すると、指定した医療法人の銀行口座に補助金が振り込まれます。
デジタル化・AI導入補助金の採択率を上げる3つのポイント

デジタル化・AI導入補助金の採択率については次の通りです。
【デジタル化・AI導入補助金2026の採択率】
| 一次締切分 | 46.3% |
| 二次締切分 | 51.5% |
| 三次締切分 | 44.0% |
※デジタル化・AI導入補助金2026「交付決定事業者一覧」をもとに作成(複数者連携デジタル化・AI導入枠を除く)
上記のように、デジタル化・AI導入補助金の採択率は40~50%程度を推移していますが、これはIT導入補助金でも似たような傾向でした。
つまり、デジタル化・AI導入補助金は申請すればもらえるものではありません。
採択率を高めるため、以下のポイントを押さえておきましょう。
医療法人のITツール導入目的を明確にする
「なぜそのITツールが必要なのか」
「導入することでクリニックのどの業務が、どれだけ改善されるのか」
といったことを、補助金の申請時に具体的かつ定量的な数値に落とし込む必要があります。
IT導入支援事業者であるベンダーに相談しながら進めるようにしましょう。
申請内容の不備がないかを確認する
申請内容に不備があれば、その時点で採択されません。
補助金の申請では、意外と単純なミスで採択されないようなケースもあります。
補助金の申請前に、次の点を最終チェックすることを忘れないようにしましょう。
・期限切れの書類はないか?:「発行から3ヶ月以内」など指定のある書類が古くなっていないかを確認する
・SECURITY ACTIONの自己宣言は完了しているか?:「★一つ星」もしくは「★★二つ星」の条件を満たしていることを確認する
・IT導入支援事業者として登録しているベンダーか?:登録していないベンダーでは申請できない
・登録されたITツールか?:登録していないITツールは申請できない
・契約や支払いなどを交付決定後に行っているか?:交付決定前では補助対象外となる
加点項目を意識する
審査において加点項目を満たすことで、採択の可能性を上げることができます。
医療法人によって満たせるものと満たせないものがありますが、以下の加点項目は事前に確認しましょう。
| 通常枠 | インボイス枠(インボイス対応類型) | セキュリティ対策推進枠 | |
| 最低賃金に関する状況 | 〇 | 〇 | 〇 |
| SECURITY ACTIONの「★★ 二つ星」の宣言 | 〇 | ||
| 国の推進するセキュリティサービスを選定している | 〇 | 〇 | |
| IT戦略ナビwithの実施 | 〇 | 〇 | 〇 |
| 健康経営優良法人2026の認定取得 | 〇 | 〇 | 〇 |
| くるみん・えるぼし認定取得 | 〇 | 〇 | 〇 |
| 成長加速マッチングサービスへの登録 | 〇 | 〇 | 〇 |
| 省力化ナビの活用 | 〇 | 〇 | 〇 |
| 交付申請時点でインボイス登録を行っておらず、実績報告日までにインボイス登録を行うこと | 〇 | ||
| 導入するITツールとして、決済機能を有するクラウド製品を選定していること | 〇 | ||
| 導入するITツールとして、「スマートレジ」を選定していること | 〇 | ||
| デジタル化セカンドオピニオンの取り組み | 〇 |
※デジタル化・AI導入補助金2026「申請を行う前に必要な手続き」をもとに作成
【まとめ】利用できる補助金がないかを確認する
デジタル化・AI導入補助金は、医療DXを推進しようとする医療法人であれば活用したいところです。
その他、自院が利用できる補助金がないか、専門家に適宜確認するようにしましょう。
医療法人や個人開業医院が利用できる補助金については、以下の記事も参考にしてください。
また、医療DXについて興味のある先生は、以下の記事をご覧ください。
最後までご覧いただきありがとうございました。




監修者
笠浪 真
税理士法人テラス 代表税理士
税理士・行政書士
MBA | 慶應義塾大学大学院 医療マネジメント専攻 修士号
1978年生まれ。京都府出身。藤沢市在住。大学卒業後、大手会計事務所・法律事務所等にて10年勤務。税務・法務・労務の知識とノウハウを習得して、平成23年に独立開業。
現在、総勢52人(令和3年10月1日現在)のスタッフを抱え、クライアント数は法人・個人を含め約300社。
息子が交通事故に遭遇した際に、医師のおかげで一命をとりとめたことをきっかけに、今度は自分が医療業界へ恩返ししたいという思いに至る。
医院開業・医院経営・スタッフ採用・医療法人化・税務調査・事業承継などこれまでの相談件数は2,000件を超える。その豊富な事例とノウハウを問題解決パターンごとに分類し、クライアントに提供するだけでなく、オウンドメディア『開業医の教科書®︎』にて一般にも公開する。
医院の売上を増やすだけでなく、節税、労務などあらゆる経営課題を解決する。全てをワンストップで一任できる安心感から、医師からの紹介が絶えない。病院で息子の命を助けてもらったからこそ「ひとつでも多くの医院を永続的に繁栄させること」を使命とし、開業医の院長の経営参謀として活動している。


